A Bodrogszegi Vár-hegyet a földtörténeti újkor harmadkorában, a miocénben kezdődő vulkáni tevékenység hozta létre. A hegy vulkáni kúpja 292 m tszf. magasággal emelkedik a Bodrog-folyó völgyétől északra és magasságából adódóan csak kis dombnak tekinthető.

A Vár-hegy fő tömegét szárazulati riolittufa és piroxéndácit alkotja.

A legnagyobb tömeget képviselő riolittufa a hegyen alsó „szoknya” részén, a felszínen található. A dácit a hegy csúcsán szintén a felszínen van.

A hegyre a pleisztocén korban lösz hullott, azonban ez mára teljesen lemosódott, egy része a riolittufa alapkőzettel összekeveredett.

Jellegzetes talajtípus az erubáz, ami a piroxéndáciton keletkezett, míg a hegylábi területeken, riolittufán  ranker talaj képződött.

Fotó: Zsólyomi Tamás

A lejtősztyepp-rétek és melegkedvelő-tölgyesek az Alföldre egykoron jellemző erdősztyeppek maradványai számára biztosítanak élőhelyet. Kora tavasszal a leánykökörcsin (Pulsatilla grandis) és a tavaszi hérics (Adonis vernalis) virágzásával éled a sztyepprét. A fajgazdag rétek védett törpecserjéje a törpe mandula (Amygdalus nana), amely áprilisban nyíló virágaival rózsaszínre festi a hegyoldalt. Májusban a fokozottan védett magyar nőszirom (Iris aphylla ssp. hungarica) hozza sötétlila virágait. E pannóniai endemikus fokozottan védett növényritkaság jelentős egyedszámú populációja él a hegytetőn. Májusban és júniusban a tölgyesek szélén, egykori kőgrádicsokon nőnek az elegáns megjelenésű nagyezerjófű (Dictamnus albus) példányai. Jelentő állománya él itt az apró nősziromnak (Iris pumila). Árvalányhaj fajok közül, főleg a hegylábi részeken gyakori a pusztai- (Stipa pennata), a csinos- (Stipa pulcherrima) és a hosszúlevelű árvalányhaj (S. tirsa). Szép sarjtelepe él  a területen a vastaggallyú körtének (Pyrus nivalis). 

 A sztyepprétek és bokorerdők számos ritka rovarfajnak is otthont adnak. Meg kell említenünk az imádkozó sáska (Mantis religiosa), az erdei hangyaleső (Myrmeleon formicarius), a bőrfutrinka (Carabus coriaceus), a balkáni futrinka (Carabus montivagus subsp. blandus), a szarvasbogár (Lucanus cervus), a nagy hőscincér (Cerambix cerdo) és a selymes cserjecincér (Cortodera holosericea) előfordulást

A meleg sziklákon találkozhatunk sütkérező fali gyíkkal (Podarcis muralis), fürge gyíkkal (Lacerta agilis), zöld gyíkkal (Lacerta viridis). Ritkán előfordul a réz- (Coronella austriaca) és az erdei sikló (Elaphe longissima), illetve a keresztes vipera (Vipera berus) is.

A bokorerdők és tölgyesek énekesmadár-faunájából kiemelhetjük az erdei pacsirta (Lullula arborea), a karvalyposzáta (Sylvia nisoria) és a töviszúró gébics (Lanius collurio) fészkelését. A Zemplénből táplálkozni jár a területre néhány nagyobb ragadozómadárfa pl. békászó sas (Aquila pomarina), kígyászölyv (Circaetus gallicus), darázsölyv (Pernis apivorus), parlagi sas (Aquila heliaca).

A védett terület alatti völgyben költ a fekete gólya (Ciconia nigra).