2007 február 1-től módosult az Aggteleki Nemzeti Park Igazgatóság működési területe. A változásokról a környezetvédelmi, természetvédelmi, vízügyi hatósági és igazgatási feladatokat ellátó szervek kijelöléséről szóló 347/2006. (XII. 23.) Kormányrendelet rendelkezik.

A korábban a Bükki Nemzeti Park Igazgatóság működési területén lévő, egyedi jogszabállyal védetté nyilvánított országos jelentőségű védett természetek közül a Tokaj-Bodrogzug Tájvédelmi Körzet, a Zempléni Tájvédelmi Körzet, továbbá a Bodrogszegi Várhegy Természetvédelmi Terület, az Erdőbényei-fáslegelő Természetvédelmi Terület, a Füzérradványi park Természetvédelmi Terület, a Long-erdő Természetvédelmi Terület, a Megyaszói-tátorjános Természetvédelmi Terület, a Megyer-hegyi Tengerszem Természetvédelmi Terület, a Sóstói-legelő Természetvédelmi Terület és a Tállyai Patócs-hegy Természetvédelmi Terület az Aggteleki Nemzeti Park működési területére került át.

Azóta védetté nyilvánított új TT-k: Abaújkéri Aranyos-völgy TT, Tarcali Turzó-dűlő TT.

A Kormányrendelet az Aggteleki Nemzeti Park Igazgatóság működési területét 2007. február 1-i hatállyal az alábbiak szerint állapítja meg:

Borsod-Abaúj-Zemplén megye területéből a Sajó, a Hernád és az országhatár által bezárt terület, továbbá