Aggteleket mint magyarok lakta települést elsőként egy 1295-ös oklevél említi Ogogte
luk néven. Antal István Bertalan, aki Aggteleken született és jegyzőgyakornokként valamint szociális titkárként összesen hét évet munkálkodott, később megírta Aggtelek történetét. Az előbb említett oklevél adataihoz kapcsolódóan Ő úgy vélte, Aggtelek keletkezése az 1280-as évekre tehető.

A másik elmélet szerint,- amit Dr. Dénes György történész neve fémjelez- lényegesen régebbi magyar település Aggtelek. Létrejöttét a tatárjárás előttre helyezi. Ezt az elméletet az a tény is alátámasztja, hogy a református templom 1975-ös tatarozása során a templom déli falán előkerült két román stílusú lőrésszerű ablak és egy régi bejárat. A stílus alapján a templom építését a XII- XIII. századra lehet tenni, ez pedig azt jelenti, hogy Aggtelek a tatárjárás idején már jelentős település lehetett. Dr. Dénes György megállapítása szerint Aggtelek azért nem szerepel a tatárjárás körüli írásos emlékekben, mert a tatárdúlás teljesen megsemmisítette a falut, megmaradt lakói a környező falvakba menekültek, s csak évekkel, évtizedekkel később kezdtek el ismét visszatelepülni. Az itt lakók az évszázadok során sok veszedelmet és hányattatást éltek meg. Különböző fertőző betegségek gyakran tizedelték meg lakosságot, ennek bizonyos nyomait még az elmúlt század halotti anyakönyveiben is fellelhetjük.

1858-ban súlyos tragédiát élt át a falu lakossága. Egy szörnyű tűzvész szinte mindenkit elpusztított. Épségben csak két épület maradt, az iskola fő épülete és egy régi kőből épült ház (ez az épület ma is áll). A templom és a lelkészlakhoz tartozó melléképület kőfalai is megmaradtak az utókor számára, de minden egyéb porig égett, beleértve a község minden hivatalos és emlékiratait is.
Egy korabeli egyházi leírásban azt olvashatjuk: a községbe érkező vizsgálóbizottság leírhatatlan állapotokat talált, azt is hozzátéve, a falut nem csupán fizikai értelemben találták leégve, hanem szellemi, lelki értelemben is. Századunk is hozott megpróbáltatást az itt lakók számára a II. világháború egyik frontvonala több mint két hétig húzódott Aggteleknél sok pusztulást okozva, beleértve a sok vihart megért öreg templomot is amelynek ismét csak az ősi falai maradtak, minden egyéb elpusztult. E falu lakói az elmúlt századok folyamán nyilván nem csak csapásokat és pusztulást éltek át, de életük egyéb mozzantairól feljegyzések nem nagyon maradtak.