Az Aggteleki Nemzeti Park jelenlegi területének a védelme 1940-tól kezdődött....
Hazánk nemzeti parkjai közül ez az első, amelyet hangsúlyozottan a földtani természeti értékek, a felszíni formák és a felszín alatt húzódó barlangok megóvására hoztak létre 1985-ben. A nemzeti park Észak-Magyarország karsztvidékén - a hajdani Gömör – Tornai- karszt részeként - a Sajó- és a Hernád folyó között, mintegy 20 000 hektár területen helyezkedik el.
A térséget nagyrészt a földtörténeti középkor triász időszakában, mintegy 230 millió évvel ezelőtt képződött kőzetek építik fel, melyek tulajdonságai szabták meg a táj arculatát, s bennük alakultak ki a térség világhírű barlangjai és egyéb karsztjelenségei. Ilyen alakzatok, kőzet együttesek, valamint földtani alapszelvényként szolgáló feltárásaik Magyarországon csak itt fordulnak elő. Az Aggteleki karsztvidék mai formája elsősorban a mészkő alapkőzet lepusztulásával kapcsolatos folyamatok és a karsztjelenségek eredménye. E viszonylag kis területen a jégkorszaktól mindmáig tartó, mérsékelt övi karsztfejlődés szinte valamennyi megjelenési formáját megfigyelhetjük.
1935. évi erdőtörvény által megindult hazai hivatalos természetvédelem működése során 1940-ben és 1951-ben a Baradla-, 1953-ban a Béke-, 1956-ban Szabadság-, 1958-ban a Vass Imre-barlang felszínét természetvédelmi területté nyilvánították.
1962. évben minden barlang természetvédelmi oltalom alá került (1961. évi 18. számú természetvédelméről szóló törvényerejű rendelet alapján).
Ezt követően számos próbálkozás és javaslat történt a terület védelmi státuszának módosítására (nemzeti park kialakítása).
1978-ban -egyeztető tárgyalások eredményeképpen- az Országos Környezet és Természetvédelmi Hivatal elnöke 8/1978 OKTH számú határozatával létrehozta az Aggteleki Tájvédelmi Körzetet, amely a Bükki Nemzeti Park szervezetén belül működött.
Az újonnan létrehozott Aggteleki Tájvédelmi Körzet 1979-től az UNESCO MAB (Ember és Bioszféra) programjában bioszféra rezervátummá nyilvánította, s két magterületet jelöltek ki a Haragistya, valamint a Nagyoldal térségében.
1983-ban az Esztramos-hegy egyes területei is természetvédelmi oltalmat kaptak, és a Tájvédelmi Körzethez kerültek.
1985. január 1.-én alakult meg az AGGTELEKI NEMZETI PARK amelyet az OKTH elnöke 7./1984. (XII.25.) rendeletével hozott létre az Aggteleki Tájvédelmi Körzet helyén. Székhelye a Baradla-barlang fogadóterében található Turistaszálló épületében volt. Később a természetvédelmi jogszabályok változásával a az Aggteleki Nemzeti Park I. fokú természetvédelmi hatósági jogkört kapott, amit a hozzárendelt illetékességi területen lát el. A park jelenlegi illetékességi területe a Sajó, a Hernád és az országhatár által közrezárt terület. 2005. január 1.-től várhatóan a hatósági feladatok egy újonnan létrehozandó természetvédelmi hatósághoz kerülnek át.
Az Aggteleki Nemzeti Park területét legutóbb 2001-ben bővítették, a teljes Esztramos-hegy védetté nyilvánításával. Az ANP területe ekkor érte el a 20 188 Ha-t. (Az ANP Igazgatóság adatai)
A TERÜLET VÉDELMÉNEK TÖRTÉNETE ÉVSZÁMOKBAN
1926 - A Baradla-barlangot a Kultuszminiszter Nemzeti Örökséggé nyilvánította.
1940 - Az 1935. évi erdőtörvény alapján A Baradla-barlangot védetté nyilvánították.
1950 – 58 - A Baradla-, Béke-, Szabadság-, és Vass Imre barlangok felszínét (összesen 1634 ha) természetvédelmi területté nyilvánították.
1978 - Az Országos Környezet és Természetvédelmi Hivatal elnöke 8/1978 OKTH számú határozatával 19 595 ha területen létrehozta a Bükki Nemzeti Park szervezetén belül működő Aggteleki Tájvédelmi Körzetet.
1979 - A MAB (Ember és Bioszféra) program keretében az UNESCO illetékes hivatala bioszféra rezervátummá nyilvánította az Aggteleki Tájvédelmi Körzetetet, melynek során két magterület jelöltek ki a Haragistya, illetve a Nagyoldal térségében.
1983 - Az Esztramos-hegy egyes területei természetvédelmi oltalmat kaptak, és a Tájvédelmi Körzethez kerültek
1985 - Az OKTH elnöke 7/1984 (XII.25.) rendeletével létrehozta az AGGTELEKI NEMZETI PARKot. Székhelye a Baradla-barlang fogadó térségében található Baradla Turistaszálló épületében volt. Később a természetvédelmi jogszabályok változásával az Aggteleki Nemzeti Park I. fokú természetvédelmi hatósági jogkört kapott, amit a Sajó- és a Hernád-folyók, valamint az országhatár által határolt illetékességi területén lát el.
1995 - Az UNESCO Világörökség Bizottsága az Aggteleki- és a Szlovák-karszt barlangjait Világörökség rangra emelte
2001 - Az Aggteleki Nemzeti Park területe az Esztramos-hegy védetté nyilvánítását követően 20 188 ha-ra bővült.
Ebben az időben az Aggteleki Nemzeti Park Igazgatóság természetvédelmi kezelésében található továbbá az illetékességi területén négy országos jelentőségű Természetvédelmi Terület: a Rudabányai Őshominida-lelőhely,TT a Keleméri Mohos-tavak TT és a Szendrőládi Rétek TT, valamint az Aggtelek-Rudabánya-Szendrő alapszelvény.
2005 és 2007 folyamán két újabb TT-vel gyarapodott az Igazgatóság védett területeinek száma: Edelényi Magyar Nőszirmos TT és a Kelemér-Serényfalva Erdőrezervátum TT.
2006-ban a 347/2006. (XII.23.) Korm. rendelet értelmében az Aggteleki Nemzeti Park Igazgatóság működési területe kibővült a Zempléni TK-val és a Tokaj-Bodrogzug TK-val, valamint a tájegységhez kapcsolódó TT-kel (Abaújkéri Aranyos-völgy, Bodrogszegi Várhegy, Erdőbényei Fáslegelő, Füzérradványi kastélypark, Long-erdő, Megyaszói Tátorjános, Megyerhegyi Tengerszem Sóstó-legelő, Tállyai Patócs-hegy) . A működési terület határai így jelenleg A Sajótól a Tiszáig tart.
2009-ben kapott védettséget a Tarcali Turzó-dűlő, mint a ritka gyapjas csüdfű, gyapjas őszirózsa és fóti boglárka élőhelye.
2011. decemberében országosan védett lett a Szőlősardó határában lévő Zabanyik-hegy, amely a hazánkban már nagyon ritka osztrák sárkányfű legnagyobb populációját őrzi.